Saliva Direct: ¿adiós al PCR?
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La pandemia de la COVID-19 copa todos los espacios de noticias hoy día y la comunidad científica no cesa en su esfuerzo por encontrar una cura, pero también por definir mejores tratamientos y métodos de diagnóstico.
Científicos y autoridades sanitarias y gubernamentales están de acuerdo en que lograr expandir aún más las capacidades diagnósticas y encontrar y aislar al mayor número de potenciales infectados contribuirá en gran medida al control de la crisis.
Recientemente, el 15 de agosto, la FDA (Food and Drug Administration) otorgó autorización de emergencia a un nuevo protocolo de diagnósotico desarrollado por científicos de la Universidad de Yale en Estados Unidos. El mismo tiene como nombre SalivaDirect y les voy a contar todo lo que se sabe de él.
¿Qué es SalivaDirect?

SalivaDirect es un método de diagnóstico de la COVID-19 que busca ser una alternativa al método tradicional del exudado nasofaríngeo. Sustituye el paso de recolección de la muestra con un hisopo especializado, con una simple recolección de una muestra de saliva en tubos que no necesitan de mucha preparación previa.
Además, no se necesitan de aditivos adicionales para la preservación de la muestra y el paso, costoso y lento, de extracción de ARN puede ser sustituido por un tratamiento con la enzima proteinasa K (una enzima que se usa para purificar ADN y ARN en diversos tejidos o líneas celulares), seguido por un paso de inactivación por calentamiento a 110 ˚C.
En última instancia, el análisis de la muestra se sigue realizando por la técnica de PCR en tiempo real, pero las modificaciones antes expuestas logran abaratar y agilizar el proceso recolección y diagnóstico del virus.
¿Qué tan efectivo es SalivaDirect?
Como todos los métodos noveles, solo el tiempo dirá si logrará cumplir el propósito con que fue concebido. No obstante, se han realizado estudios comparativos con el protocolo estándar para la detección del coronavirus y se han obtenido resultados alentadores.
En primer lugar probaron la estabilidad de las muestras durante siete días en tres condiciones de temperatura de 4 a 30 ˚C y los resultados sugirieron que el ARN del virus se mantuvo estable sin importar las condiciones térmicas, y sin el uso de aditivos adicionales. También demostraron que la pérdida en sensibilidad — un método sensible es aquel que experimenta variaciones significativas en la señal con cambios pequeños en la concentración, haciendo detectables de manera efectiva concentraciones más pequeñas — es baja cuando se sustituye el paso de extracción del ácido nucléico.
Es así que los investigadores proponen obviar ese paso en beneficio del más simple tratamiento con proteinasa K seguido de calentamiento. No obstante, desarrollaron un apéndice a su protocolo por si se decide acoplar el paso de extracción del ácido nucléico al mismo.
También determinaron que el límite de detección (menor concentración que se puede determinar correctamente el 95 por ciento de las veces) con este método ronda las 6–12 copias del virus por cada microlitro de muestra, resultado que está a la par de otras metodologías actualmente usadas para la detección del virus.
Ahora bien, SalivaDirect no es un kit, es un protocolo que los autores han publicado en forma de Open Access para que pueda ser utilizado por cualquier laboratorio medianamente equipado. Para ello ofrecen documentación y asesoramiento en su página .
Una de las características esenciales que han querido probar en su método es que pueda funcionar con reactivos y equipamiento de distintos distribuidores, para aliviar los “cuellos de botella” que pudieran darse (ha ocurrido) cuando se depende de un solo tipo de material. En general es posible usar material de diversos fabricantes, aunque se han observado pequeñas diferencias en los límites de detección por lo que recomiendan consultar la lista actual de fabricantes cuyo uso ha sido comprobado. Para adicionar nuevos equipos y reactivos a la lista también recomiendan realizar estudios de compatibilidad teniendo en cuenta las orientaciones y la lista de equipos y reactivos aprobados por la FDA hasta el momento. Actualmente trabajan en adicionar más distribuidores a la lista para no hacer el uso del protocolo dependiente de las capacidades técnicas de cada laboratorio.
¿Se ha validado clínicamente el SalivaDirect en pacientes?
Como parte de la validación del protocolo se estudiaron de forma pareada 37 muestras positivas y 30 negativas de pacientes y personal médico del Hospital de Yale-New Haven, usando como método de comparación el protocolo diagnóstico estándar aprobado por la FDA de exudado nasofaríngeo, seguido de extracción del material genético y análisis de PCR en tiempo real. Se obtuvo un 94 por ciento de concordancia en las muestras positivas y 100 por ciento en las negativas. No se obtuvieron falsos positivos en este ensayo.
También se probó en jugadores y personal asociado que ahora mismo participa en la “burbuja de Orlando”, solución que encontró la NBA para culminar la temporada 2019–2020. Esto, gracias al auspicio de la asociación deportiva, uno de los principales patrocinadores del proyecto, que se ha involucrado sin ánimos de lucro y que considera que este puede tener un impacto positivo en la estructura y funcionamiento de la próxima temporada.

Foto: tomada de The Advertiser.com
Los investigadores recomiendan su uso en pacientes asintomáticos, ya que los pacientes que presenten síntomas y se encuentren hospitalizados no son capaces de producir “saliva real”. Esto es que su saliva contiene sangre y otras secreciones que dificultan el análisis. Esto se puede remediar con pasos de purificación, pero se perdería la escencia de rapidez y bajo costo que enarbolan sus creadores.
Entre las ventajas de este método novel se encuentra también que en la fase de recolección de la muestra no se hace necesaria la participación de personal médico calificado. También se ha sugerido que disminuye el riesgo de infección en esta etapa, ya que se pueden evitar aquellos asociados a estornudos o tos por la aplicación del hisopo. La muestra pudiera ser incluso tomada de manera personal y el costo desde que se toma hasta que llega al laboratorio rondaría los 4 USD por la simplicidad de los tubos para su recolección, el no uso de aditivos y la sustitución del paso de extracción de ARN.
Como con cualquier método novedoso aprobado en estas condiciones de crisis sanitaria, habrá que esperar a tener más documentación para evaluar seriamente sus resultados a largo plazo. Pero los científicos creen que pudiera ser una solución para lograr aumentar las capacidades de pesquisa y llegar a un control más temprano de la enfermedad. ¿Tendrá éxito esta metodología? ¿Podrá convertirse en un estándar al menos para el estudio poblacional de asintomáticos? ¿Se podría incluir este protocolo o alguna variación del mismo en nuestros esquemas de pesquisaje en Cuba? Los leo.
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