La Universidad Agraria de La Habana se fundó el 7 de septiembre de 1976, con el nombre de Instituto Superior de Ciencias Agropecuarias de La Habana. Es la más antigua de las universidades agropecuarias cubanas y sus raíces están en la Universidad de La Habana, en la Escuela de Ciencias Agropecuarias en la Quinta de los Molinos, a la que pertenecían las escuelas de Agronomía y de Veterinaria.
En alianza con el entorno e integrada con los centros nacionales de investigación Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas (INCA), Centro Nacional de Sanidad Animal (CENSA) e Instituto de Ciencia Animal (ICA), contribuye, mediante la actividad científico técnica y la extensión universitaria, al desarrollo sostenible de la sociedad cubana.
En la actualidad cuenta con facultades especializadas en: Medicina Veterinaria, Agronomía, Ciencias Técnicas, Ciencias Sociales y Humanísticas, Ciencias Económicas y Empresariales, estas últimas creadas en el año 2000.